در پی دریافت شکایات متعدد اخیر مردم مبنی‌ بر تاخیر و ایرادهای مکرر پروازی در شرکت « آتا » ، مهرداد بذرپاش ( وزیر راه و شهرسازی ) به رئیس سازمان هواپیمایی کشوری دستور داد وضعیت این شرکت هواپیمایی در خدمت‌رسانی به هموطنان را به ‌صورت فوری مورد بررسی قرار دهد .
 پس از آن بود که از ۲۳ بهمن‌ماه ۱۴۰۱ تمامی پروازهای شرکت هواپیمایی آتا در مسیر مشهد به عراق و بالعکس لغو شد.
البته روند تاخیرهای آتا پس از این تاریخ هم ادامه یافت و در پرواز نجف به تهران ، مسافران با تاخیر ۱۴ ساعته مواجه شدند ! در یکی دیگر از تاخیرهای این شرکت نیز ، دوم فروردین‌ماه سال جدید ، یکی از پروازهای این شرکت که قرار بود از مبدا استانبول به تبریز انجام شود ، به دلیل کاهش فشار داخل کابین و فرود اضطراری ، با هواپیمای جایگزین انجام شد و به نظر می‌رسد ادامه این روند منجر به واکنش جدی سازمان هواپیمایی برای لغو تمامی پروازهای بین‌المللی آتا شد.
با وجود این ، آمار پروازهای فرودگاهی امام خمینی (ره) نشان می‌دهد که پروازهای آتا به مقصد نجف و استانبول روز 15 فروردین انجام شده است . همچنین اطلاعات فرودگاهی نشان می‌دهد که پروازهای این ایرلاین در روزهای آینده هم ادامه دارد.
در این خصوص جعفر یازرلو ( سخنگوی سازمان هواپیمایی کشوری ) توضیح داد : پروازهای آتا لغو شده و این شرکت دیگر اجازه فروش بلیت ندارد ، اما پروازهایی که در حال حاضر هنوز انجام می‌شود جزو تعهداتی است که شرکت هواپیمایی سال گذشته داشته و حالا باید این تعهدات را انجام دهد اما از ۱۵ فروردین مجوز جدیدی به آتا داده نمی‌شود !
وی افزود : احتمالا این زمان حدود یک ماه طول می‌کشد ! تا زمانی که پروازهای آتا منظم شود و این شرکت هواپیمایی بتواند رضایت مسافران را جلب کند .