مسجد جامع مقابل قلعه سرخ واقع شده است. در این مسجد چند اثر تاریخی از جمله نسخه قدیمی از قرآن که بر روی پوست آهو نوشته شده به معرض دید گذاشته شده است. بیش از شش‌هزار کارگر در طول شش سال برای ساخت این مسجد کار کردند و سرانجام در سال ۱۶۵۶ میلادی افتتاح شد.
محوطه خارجی مسجد ظرفیت ۲۵ هزار نمازگزار را دارد. این محوطه از شرق، شمال و جنوب به سه ردیف پلکان منتهی می‌شود که همگی با سنگ‌های قرمز ساخته شده‌اند. در شمالی مسجد ۳۹ پله، در جنوبی ۳۳ پله و در شرقی که دری بزرگتر است و محل ورود خانواده سلطنتی بوده، ۳۵ پله دارد.
در اطراف مسجد، دکه‌ها و مغازه‌های متعددی به فروش انواع کالا مشغول هستند. ساختمان اصلی این مسجد ۸۰ متر طول، ۲۷ متر عرض دارد و سقف آن از سه گنبد تشکیل شده است. گنبدهای آن از سنگ مرمر راه‌راه سفید و ارغوانی ساخته شده‌اند و زیر آنها سالنی با هفت ورودی قوسی شکل رو به غرب وجود دارد و دیوارهای آن تا نیمه با سنگ مرمر پوشیده شده‌اند.
دو مناره سر به فلک کشیده، به ارتفاع چهل و یک متر، دو طرف این گنبدها جای گرفته‌اند. این دو مناره ۴۰ متر ارتفاع و صد و سی پله دارند و از سنگ قرمز و سنگ مرمر سفید ساخته شده‌اند که به صورت راه‌راه‌های طولی کار گذاشته شده‌اند.
در محوطه پشتی مسجد نیز چهار مناره کوچک قرار گرفته که هفت ورودی قوس‌دار آن به سمت غرب باز می‌شود و دیوارهای مسجد تا ارتفاع تقریباً یک متر با مرمر پوشیده شده‌اند.
غیر از این سالن، در مسجد شبستان دیگری نیز برای اقامه نماز وجود دارد که حدود ۶۱ در ۲۷ مترمربع مساحت داشته و هفت ورودی قوس‌دار دارد. در بالای هرکدام از این ورودی‌های قوسی شکل کتیبه‌هایی از مرمر سفید قرار دارد که ۲/۱ متر طول و ۷۶ سانتی‌متر عرض دارد و روی آن با مرمر سیاه نقش خورده است. روی این کتیبه‌ها تاریخ ساخت مسجد حک شده و به فضایل و سلطنت شاه‌جهان اشاره شده است.
کف مسجد با مرمر سیاه و سفید فرش شده و قسمتی که قرار است سجاده هر نمازگزار باشد با سنگ‌های مرمر مشخص شده است. این سجاده‌های مرمرین از نظر اندازه ۹۱ سانتی‌متر در ۵۰ سانتی‌متر بوده و در مجموع گویی ۸۹۹ سجاده سیاه مرمرین در کف مسجد جایگذاری شده است.
